厦门远古时为白鹭栖息之地，故又称“鹭岛”。先秦时期，厦门属百越之地《汉书·地理志》记载，百越的分布“自交趾至会稽七八千里，百越杂处，各有种姓”。
西晋，太康三年（282年）置同安县，属晋安郡，不久裁撤，并入南安县，直到600多年后才再次设县建制：闽国933年龙启元年时升为同安县，再次设县，属泉州，州驻地在晋江县 。
唐朝，贞元十九年（803年）析南安县西南部置大同场，唐光启二年（886年），王潮克泉州为刺史，至947年，南唐灭闽国，同安地为王潮和闽国治地，历时61年。王潮、王审知兄弟先后为威武军节度使，同安为其治地，闽国开平元年（909年），王审知为闽王，立闽国，都福州，大同场为其辖地。 保大七年（949年），南唐升泉州为清源军（辖今泉州、莆田、厦门、漳州）。
乾德元年（963年），宋改清源军为平海军，以陈洪进为节度使，同安县属平海军。北宋太平兴国三年（978年），陈洪进纳土于宋，同安县始随平海军纳人宋土。同年，宋复平海军为泉州。宋属平海军、泉州。
元朝，属泉州路。明朝，实行里都图制，厦门为嘉禾里，下设四个都，每个都下辖两个图。洪武二十七年（1394年）永宁卫的中、左两个千户所移驻嘉禾屿，并筑厦门城，此后遂以中左所作为厦门岛的代称。
雍正五年（1727年）分守兴泉道移驻厦门，雍正十二年（1734年）改称兴泉永道，管辖兴化府（今莆田）、泉州府和永春州。至此，厦门成为福建东南沿海的军事、政治、经济中心。鸦片战争之后，清政府被迫与英国签订《南京条约》，厦门成为《南京条约》中规定的五个通商口岸之一。
道光二十三年九月十一日（1843年11月2日），厦门正式开埠。光绪二十八年十月二十二日（1902年11月21日），清政府正式批准《厦门鼓浪屿租界土地章程》，鼓浪屿成为“万国租界”。
中华民国二十七年（1938年）5月至民国三十四年（1945年）9月沦陷，10月恢复厦门市建制，设中心（后改思明）、开元、鼓浪屿、禾山4区。抗日战争胜利，国民政府恢复厦门市政府建制，直属福建省政府管辖。
1949年09月，同安县、厦门市分别解放，同安县属第五专区（1950年改泉州专区、晋江专区），厦门为福建省辖市。1950年10月，厦门市设开元、思明、鼓浪屿、厦港（后废）、禾山5区。1953年，同安县集美镇归厦门市辖。1958年01月，撤禾山区，改设郊区。1958年08月，同安县由晋专区划属厦门。
2003年05月，经国务院批准，福建省人民政府颁发《关于厦门市调整部分行政区划的批复》，同意撤销厦门市鼓浪屿区和开元区，其行政区域划归思明区管辖，杏林区更名为海沧区，设立翔安区。行政区调整后，厦门市下辖思明、湖里、集美、海沧、同安和翔安6个区，至2016年12月底不变。
2014年12月，国务院决定设立中国（福建）自由贸易试验区。其中厦门片区共43.78平方公里。
